Наш внутренний неандерталец

[shvarz]

Как всем уже, наверно, известно - секвинирование ДНК неандертальцев показало, что они с нашими предками какое-то время скрещивались. Антрополог Джон Хокс в своем блоге выложил красивые картинки, показывающие насколько этот факт до сих пор отражается на человеческих популяциях. Он сравнил неандертальский геном с геномами из проекта "1000 геномов" в котором секвинировались геномы людей со всего света.
Результат:



Геномы европейцов и азиатов имеют заметно больше общего с неандертальским геномом, чем геномы африканцев. Этого и следовало ожидать, учитывая, что неандертальцы обитали преимущественно в Европе. Но картинка очень уж красивая.

И вот еще одна тоже очень красивая картинка:



Американские негры являются смесью средне-европейской и западно-африканской популяций (старый пост на эту тему). И это заметно при подобном анализе - они оказываются разбросаны между геномами из Нигерии и из Юты.

Он там еще обсуждает разные интересные результаты, но они куда менее красивые и интерпретировать их труднее.

Comments

[shvarz.livejournal.com]

Это каким-то образом обработанные SNPs. В геноме их нет, они появляются лишь при сравнении двух геномов. Чем дальше эти геномы друго от друга, тем больше. При сравненни геномов современных людей друг с другом должно быть на порядки меньше.

[levyi-botinok.livejournal.com]

Не похоже. Во-первых, у европейцев с неандертальцем dv больше, чем у африканцев. То есть, это не количество расхождений, а количество совпадений. Как оно и следует из контекста и из слова shared.

[shvarz.livejournal.com]

Да, действительно, что-то я напутал. Похоже, что сначала были определены SNPs, которые derived от неандертальца, а потом уже они были посчитаны в каждом из геномов.
В предыдущем посте на эту тему есть детали: http://johnhawks.net/weblog/reviews/neandertals/pigmentation/neandertal-introgression-1000-genomes-style-2011.html

[levyi-botinok.livejournal.com]

Глянул ссылку. Дела "еще хуже" они используют в качестве "начала отсчета" шимпанзе! И дальше рассматривают доступные для всех трех (шимпанзе, неандертальца и человека) куски геномов. Считают последовательности, совпадающие у человека и неандертальца, но отличающиеся у шимпанзе.

[shvarz.livejournal.com]

Почему это так уж хуже? Разве получаемые таким образом отличия между этническими группами не говорят об их относительном родстве с неандертальцем?