Эволюционные масштабы
Oct. 8th, 2010 02:11 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
shvarzФаги - вирусы бактерий.
В книжке только что прочитал впечатляющий фактоид: По некоторым оценкам общее количество фагов на Земле - порядка 1031. Если их всех собрать и выстроить один за другим, то получится цепочка (вчитайтесь!) в 200 миллионов световых лет. Исходя из средней продолжительности жизни фага, можно посчитать, что такое их количество производится за неделю. Каждый новый фаг - это вероятность мутации, рекомбинации - биологический мир исследует пространство возможных белков. Обычно считается, что вирусы появились очень рано в процессе эволюции, так что вполне можно предположить, что это продолжается уже 3 миллиарда лет (15x1010 недель). Этого достаточно для того, чтобы сгенерировать полностью все варианты пептидов размером в 30 аминокислот (2230).
В книжке только что прочитал впечатляющий фактоид: По некоторым оценкам общее количество фагов на Земле - порядка 1031. Если их всех собрать и выстроить один за другим, то получится цепочка (вчитайтесь!) в 200 миллионов световых лет. Исходя из средней продолжительности жизни фага, можно посчитать, что такое их количество производится за неделю. Каждый новый фаг - это вероятность мутации, рекомбинации - биологический мир исследует пространство возможных белков. Обычно считается, что вирусы появились очень рано в процессе эволюции, так что вполне можно предположить, что это продолжается уже 3 миллиарда лет (15x1010 недель). Этого достаточно для того, чтобы сгенерировать полностью все варианты пептидов размером в 30 аминокислот (2230).
no subject
Date: 2010-10-11 11:44 pm (UTC)no subject
Date: 2010-10-12 12:04 am (UTC)тридцать миллионов -- это одна линия. у меня сейчас в соседнем окне открыты данные с шести илюминовских флоуселл(как это по-русски?) собраные, это где в сорок раз больше коротких последовательностей. Без SPSS было бы сложно, это правда, а вот геномных браузеров я побрезгую трехметровой палкой трогать
no subject
Date: 2010-10-12 12:30 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-12 01:06 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-12 07:35 am (UTC)no subject
Date: 2010-10-13 10:14 pm (UTC)Нет, это все не ахинея конечно, это все поотдельности очень нужные и полезные деятельности. Ахинея возникает при попытках обьединить названое очень специфическим образом вместе, таким что бы породился специалист-биоинформатик. Я думаю, что это и теоретически невозможно, но простоты обсуждения ради готов теорию оставить в стороне. Скажем так -- пусть это теоретически и соблазнительно, но то что реально получается, то получается плохо: вместо оперативного и удобного обмена информации пишутся монографии на два года устаревшие еще до публикации, а подготовленые по этим учебным пособия выпускники-биоинформатики вместо ожидаемого "знают и биологию и информатику" не понимают ни того ни другого.
no subject
Date: 2010-10-14 12:14 am (UTC)На учебниках, конечно, биоинформатики не вырастают. Но то же самое применимо и к вирусологам и к биохимикам. Практика - единственный стоящий подход и там биоинформатики вполне даже вырастают.
no subject
Date: 2010-10-14 12:29 am (UTC)http://david.abcc.ncifcrf.gov
no subject
Date: 2010-10-14 12:38 am (UTC)С другой стороны, NIH содержит этот Ncbi, который не смотря на все свои косяки, является таки очень полезным ресурсом. Он также содержит LANL HIV database, там тоже в основном "такие теоретики" сидят, но есть и вполне грамотные биологи. Польза от них есть.
Говоря "практика" я имел в виду подход типа "взять биолога и научить его информатике" или наоборот. Есть места где это делают и люди оттуда выходят вполне хорошие, хоть и со странным набором знаний и навыков. Я вот лично их и считаю биоинформатиками.
no subject
Date: 2010-10-14 01:10 am (UTC)А называться все равно как, я знаю вполне приличных людей вынужденых называть свою работу биоинформатической, современным стечением обстоятельств. Жить то на чтото надо.
Гвозди бы делать из этих людей
Date: 2010-10-11 11:48 pm (UTC)http://www.warandpeace.ru/ru/analysis/view/50995/
Re: Гвозди бы делать из этих людей
Date: 2010-10-12 12:10 am (UTC)