Новости сиквенирования

[shvarz]

Конкуренты уже обсуждавшихся опубликовали в Nature статью (в открытом доступе): A map of human genome variation from population-scale sequencing
Нефункциональных генов в каждом человеке: 250-300, к сожалению частоту нефункциональных гомозигот не приводят (к этому)
Частоту мутаций оценивают с большой точностью: 1-1.2x10^-8
Между разными популяциями людей существуют отличия по частоте встречаемости нескольких сотен тысяч мутаций (при этом Fst довольно низкий, я не совсем понимаю как такое может быть и что это значит). И большинство этих мутаций меняют последовательность аминокислот, что говорит о быстром и интенсивном естественном отборе (к этому).

Comments

[macroevolution.livejournal.com]

1-1.2x10-8
это на нуклеотид на поколение?

[shvarz.livejournal.com]

Ага, там проанализировали два набора "родители+ребенок".

[friendlystrnger.livejournal.com]

>что говорит о быстром и интенсивном естественном отборе
в какую сторону? :)

[shvarz.livejournal.com]

Да, надо было уточнить :) В положительную, конечно.

[friendlystrnger.livejournal.com]

а помойму - в отрицательную ;)
присоединяйтесь: http://macroevolution.livejournal.com/38950.html

[shvarz.livejournal.com]

Тут путаница вышла между биологическим термином "положительный отбор" (который имеет совершенно определенный смысл и который был найден в приведенной выше работе) и нашей оценкой того, хорошо это или плохо (которая к науке большого отношения не имеет).

Ссылку посмотрю, но Кондрашев там с первых же строчек в карьер начинает нести ерунду.

[friendlystrnger.livejournal.com]

да, пожалуй, вокруг нее все и вертится :)

[mayskaya-groza.livejournal.com]

Обычно это несуществующее слово через "е" пишут.
Меня это удивляло "сИквенс", но "сЕквенировать".

[shvarz.livejournal.com]

Проблемы перевода негласного e в английском языке :) Ребенок у нас (практически native speaker), например, уверял что в слове McDonalds сочетание "Mc" звучит как Мик - МикДональдс.
И сиквенс и секвенировать уже устоялись, между ними идет борьбы. Я а пишу как бог на душу положит.

[imbg.livejournal.com]

Тут мне вспомнилась странная статья Dolle M (http://nar.oxfordjournals.org/content/30/2/545.full.pdf+html). Там есть рисунок 1, иллюстрирующий точечные мутации в репортерном гене LacZ, который ввели мышам.При детальном рассматривании оказывается, что некоторые мутаций в мозге (GC2AT и GC2CG) и в селезенке (GC2CG) с возрастом уменьшаются. это при том, что мозг уже был сформирован на момент эксперимента.
Я этой статье в свое время не поверил. Но после открытия редактирования мРНК задумался, что может такое и может быть.
В общем все не так просто, как нас учили в университете.

[shvarz.livejournal.com]

Что-то е вижу там особого уменьшения. Это ведь разные мыши и разница между ними совсем небольшая, для трех мышей на группу думаю статистически не достоверная.

[imbg.livejournal.com]

А мне запало в "душу" - ведь если б гены репарировались или редактировались обратно - с этими знаниями приятно жить :)!

[galicarnax.livejournal.com]

Что понимается под нефункциональными генами? Если псевдогены, то их вроде не сотни, а тысячи (напр.: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20615899)

[galicarnax.livejournal.com]

А, кажись, понял. Псевдогены выключены у всех людей, а упомянутые 250-300 - это в среднем сколько у данного человека выключено еще и из общего набора генов (которые у других людей могут быть включены), т.е. помимо псевдогенов еще.

1000 геномов

[batch2k.livejournal.com]

Подробнее и популярнее на эту тему:
«Перевалило за тысячу: третья фаза геномики человека (http://biomolecula.ru/content/750)»:
Лишь десять лет назад всего двух пальцев было достаточно, чтобы сосчитать отсеквенированные человеческие геномы. В прошлом году для этого нужны были уже пальцы двух рук. Однако сейчас уже непонятно, найдётся ли нужное количество пальцев в роте солдат, чтобы продолжать вести такой подсчёт. Исследовательский консорциум «1000 геномов (http://www.1000genomes.org/)» сообщает о завершении «пилотной» фазы проекта, в которой получено 179 полных генетических последовательностей, ещё для почти 700 индивидуумов «прочли» только кодирующие участки ДНК, а для двух групп родители–ребёнок (получается, ещё шесть геномов) секвенирование выполнили с особенной тщательностью, чтобы изучить скорость возникновения мутаций. Персональная генетическая медицина всё продолжает приближаться.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

У них там около 95% новых мутаций накоплено клеточными линиями за время исполнения проекта.

Хорошо бы принудить какого-нибуть математического статистика почитать эту работу и рассказать потом, что он думает про точности оценок, методы их получения и прочие p-value.

[shvarz.livejournal.com]

Это вы так думаете, или это есть в самой статье? Вроде контроли у них нормально выглядят, но я не матстатистик.
(З.Ы: Клеточными линиями называют все-таки эукариотические клетки, там же речь идет о еколях.)

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

....Of these, 1,001 (CEU) and 669 (YRI) were validated by re-sequencing the cell line DNA. When these were tested for segregation to offspring (CEU) or in non-clonal DNA from whole blood (YRI), only 49 CEU and 35 YRI candidates were confirmed as true germline mutations.

....

We infer that the remaining vast majority (952 CEU and 634 YRI) of the validated variants were somatic or cell line mutations. The greater number of these validated non-germline mutations in the CEU cell line perhaps reflects the greater age of the CEU cell culture.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

Если я правильно понимаю, что они свалили в публичные датабазы, то отношение явного мусора к похожему на правду там будет ~50:1, по самой оптимистичной оценке. Что может быть хорошей иллюстрацией к вопросам затронутым в предыдущей дискуссии.